Biochemical Characterization of FIKK Kinase from Cryptosporidium parvum and Discovery of Potent Inhibitors
Notice bibliographique
Résumé
Cryptosporidium parasites cause serious human and animal diseases and affect millions of children worldwide. Drug discovery attempts against the parasites are insufficient and new drug targets are necessary. C. parvum harbors some unique protein kinases including one called FIKK kinase. FIKKs are parasite-specific protein kinases with distinctive sequence motifs and restricted to phylum Apicomplexa. The biochemistry and biology of the evolutionarily conserved members of the FIKK family have not been elucidated before this project. I explored the biochemical nature of the most conserved FIKK members in C. parvum and malaria causing P. falciparum, known as CpFIKK and PfFIKK8, respectively. I have identified the soluble domain boundary of the proteins and their substrate preferences, and characterized their activity in vitro. FIKKs need a ~40 residue extension to the predicted kinase domain to be soluble. They prefer Ser as phosphoacceptor residue flanked by Arg at the -3 and +3 positions in the substrate. Because their biological roles have not been completely elucidated, potent, selective and cell permeable inhibitors would be useful to understand the biological roles of FIKKs in parasites. Here, I report the first Cryptosporidium FIKK (CpFIKK) inhibitor and its selectivity profile. I systematically explored the structure activity relationship for CpFIKK inhibition and for selectivity against CpCDPK1. I identified 4b as a potent (IC50 = 0.2 nM) inhibitor of CpFIKK catalytic activity, and confirmed CpFIKK binding using a thermal melt assay. Minor variations of inhibitor structure led to significant change in selectivity profiles against CpCDPK1 and identified CpCDPK1 selective as well as dually acting C. parvum FIKK-CDPK1 inhibitors from the same structural class of compounds. I evaluated these CpFIKK inhibitors for inhibition of parasite growth in vitro. The observed effect in parasite growth did not correlate with CpFIKK inhibition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».