A comprehensive investigation of starch degradation process and identification of a transcriptional activator Mab<scp>HLH</scp>6 during banana fruit ripening
Notice bibliographique
Résumé
Although starch degradation has been well studied in model systems such as Arabidopsis leaves and cereal seeds, this process in starchy fruits during ripening, especially in bananas, is largely unknown. In this study, 38 genes encoding starch degradation-related proteins were identified and characterized from banana fruit. Expression analysis revealed that 27 candidate genes were significantly induced during banana fruit ripening, with concomitant conversion of starch-to-sugars. Furthermore, iTRAQ-based proteomics experiments identified 18 starch degradation-associated enzymes bound to the surface of starch granules, of which 10 were markedly up-regulated during ripening. More importantly, a novel bHLH transcription factor, MabHLH6, was identified based on a yeast one-hybrid screening using MaGWD1 promoter as a bait. Transcript and protein levels of MabHLH6 were also increased during fruit ripening. Electrophoretic mobility shift assays, chromatin immunoprecipitation and transient expression experiments confirmed that MabHLH6 activates the promoters of 11 starch degradation-related genes, including MaGWD1, MaLSF2, MaBAM1, MaBAM2, MaBAM8, MaBAM10, MaAMY3, MaAMY3C, MaISA2, MaISA3 and MapGlcT2-2 by recognizing their E-box (CANNTG) motifs present in the promoters. Collectively, these findings suggest that starch degradation during banana fruit ripening may be attributed to the complex actions of numerous enzymes related to starch breakdown at transcriptional and translational levels, and that MabHLH6 may act as a positive regulator of this process via direct activation of a series of starch degradation-related genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».