A robust PCR for the differentiation of potential virulent strains of Haemophilus parasuis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Haemophilus parasuis is the etiological agent of Glässer's disease in swine. H. parasuis comprises strains with heterogeneous virulence capacity, from non-virulent to highly virulent. Determination of the pathogenic potential of the strains is important for diagnosis and disease control. The virulence-associated trimeric autotransporters (vtaA) genes have been used to predict H. parasuis virulence by PCR amplification of their translocator domains. Here, we report a new and improved PCR designed to detect a different domain of the vtaA genes, the leader sequence (LS) as a diagnostic tool to predict virulence. METHODS: A collection of 360 H. parasuis strains was tested by PCR with LS specific primers. Results of the PCR were compared with the clinical origin of the strains and, for a subset of strains, with their phagocytosis and serum resistance using a Chi-square test. RESULTS: LS-PCR was specific to H. parasuis, and allowed the differential detection of the leader sequences found in clinical and non-clinical isolates. Significant correlation was observed between the results of the LS-PCR and the clinical origin (organ of isolation) of the strains, as well as with their phagocytosis and serum susceptibility, indicating that this PCR is a good predictor of the virulence of the strains. In addition, this new PCR showed a full correlation with the previously validated PCR based on the translocator domain. LS-PCR could be performed in a wide range of annealing temperatures without losing specificity. CONCLUSION: This newly described PCR based on the leader sequence of the vtaA genes, LS-PCR, is a robust test for the prediction of the virulence potential of H. parasuis strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».