Ability of a Genomic Classifier to Predict Metastasis and Prostate Cancer-specific Mortality after Radiation or Surgery based on Needle Biopsy Specimens
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Decipher is a validated genomic classifier developed to determine the biological potential for metastasis after radical prostatectomy (RP). OBJECTIVE: To evaluate the ability of biopsy Decipher to predict metastasis and Prostate cancer-specific mortality (PCSM) in primarily intermediate- to high-risk patients treated with RP or radiation therapy (RT). DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS: Two hundred and thirty-five patients treated with either RP (n=105) or RT±androgen deprivation therapy (n=130) with available genomic expression profiles generated from diagnostic biopsy specimens from seven tertiary referral centers. The highest-grade core was sampled and Decipher was calculated based on a locked random forest model. OUTCOME MEASUREMENTS AND STATISTICAL ANALYSIS: Metastasis and PCSM were the primary and secondary outcomes of the study, respectively. Cox analysis and c-index were used to evaluate the performance of Decipher. RESULTS AND LIMITATIONS: With a median follow-up of 6 yr among censored patients, 34 patients developed metastases and 11 died of prostate cancer. On multivariable analysis, biopsy Decipher remained a significant predictor of metastasis (hazard ratio: 1.37 per 10% increase in score, 95% confidence interval [CI]: 1.06-1.78, p=0.018) after adjusting for clinical variables. For predicting metastasis 5-yr post-biopsy, Cancer of the Prostate Risk Assessment score had a c-index of 0.60 (95% CI: 0.50-0.69), while Cancer of the Prostate Risk Assessment plus biopsy Decipher had a c-index of 0.71 (95% CI: 0.60-0.82). National Comprehensive Cancer Network risk group had a c-index of 0.66 (95% CI: 0.53-0.77), while National Comprehensive Cancer Network plus biopsy Decipher had a c-index of 0.74 (95% CI: 0.66-0.82). Biopsy Decipher was a significant predictor of PCSM (hazard ratio: 1.57 per 10% increase in score, 95% CI: 1.03-2.48, p=0.037), with a 5-yr PCSM rate of 0%, 0%, and 9.4% for Decipher low, intermediate, and high, respectively. CONCLUSIONS: Biopsy Decipher predicted metastasis and PCSM from diagnostic biopsy specimens of primarily intermediate- and high-risk men treated with first-line RT or RP. PATIENT SUMMARY: Biopsy Decipher predicted metastasis and prostate cancer-specific mortality risk from diagnostic biopsy specimens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».