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Enregistrement W2616009121 · doi:10.1101/139329

Diagnostic Yield and Treatment Impact of Targeted Exome Sequencing in Early-onset Epilepsy

2017· preprint· en· W2616009121 sur OpenAlexafffund
Michelle Demos, Ilaria Guella, Marna B. McKenzie, Sarah E. Buerki, Daniel M. Evans, Eric Toyota, Cyrus Boelman, Linda Huh, Anita Datta, Aspasia Michoulas, Kathryn Selby, Bruce Björnson, Gabriella Horváth, Elena Lopez‐Rangel, Clara DM van Karnebeek, Ramona Salvarinova, Erin Slade, Patrice Eydoux, Shelin Adam, Margot I. Van Allen, Tanya N. Nelson, Corneliu Bolbocean, Mary Connolly, Matthew J. Farrer

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesAlva FoundationRare Disease Foundation
Mots-clésEpilepsyMedicineExome sequencingRetrospective cohort studyPediatricsGenetic testingProspective cohort studyExomeEpilepsy syndromesInternal medicinePsychiatryMutationGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background To examine the impact on diagnosis, treatment and cost with early use of targeted whole-exome sequencing (WES) in early-onset epilepsy. Methods WES was performed on 50 patients with early-onset epilepsy (≤ 5 years) of unknown cause. Patients were classified as retrospective (epilepsy diagnosis > 6 months) or prospective (epilepsy diagnosis < 6 months). WES was performed on an Ion ProtonTM and variant reporting was restricted to the sequences of 565 known epilepsy genes. Diagnostic yield and time to diagnosis were calculated. An analysis of cost and impact on treatment was also performed. Results A likely/definite diagnosis was made in 17/50 patients (34%) with immediate treatment implications in 8/17 (47%). A possible diagnosis was identified in 9 additional patients (18%) for whom supporting evidence is pending. Time from epilepsy onset to genetic diagnosis was faster when WES was performed early in the diagnostic process (mean: 143 days prospective versus 2,172 days retrospective). Costs of prior negative tests averaged $8,344 in the retrospective group, suggesting savings of up to $5,110 per patient. Interpretation These results support the clinical utility and potential cost-effectiveness of using targeted WES early in the diagnostic workup of patients with unexplained early-onset epilepsy. The costs and clinical benefits are likely to continue to improve. Advances in precision medicine and further studies regarding impact on long-term clinical outcome will be important.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,447
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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