Genome-wide network-based pathway analysis of CSF t-tau/Aβ1-42 ratio in the ADNI cohort
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: are potential early diagnostic markers for probable Alzheimer's disease (AD). The influence of genetic variation on these CSF biomarkers has been investigated in candidate or genome-wide association studies (GWAS). However, the investigation of statistically modest associations in GWAS in the context of biological networks is still an under-explored topic in AD studies. The main objective of this study is to gain further biological insights via the integration of statistical gene associations in AD with physical protein interaction networks. RESULTS: ratio using quality controlled genotype data, including 563,980 single nucleotide polymorphisms (SNPs), with age, sex and diagnosis as covariates. Gene-level p-values were obtained by VEGAS2. Genes with p-value ≤ 0.05 were mapped on to a protein-protein interaction (PPI) network (9,617 nodes, 39,240 edges, from the HPRD Database). We integrated a consensus model strategy into the iPINBPA network analysis framework, and named it as CM-iPINBPA. Four consensus modules (CMs) were discovered by CM-iPINBPA, and were functionally annotated using the pathway analysis tool Enrichr. The intersection of four CMs forms a common subnetwork of 29 genes, including those related to tau phosphorylation (GSK3B, SUMO1, AKAP5, CALM1 and DLG4), amyloid beta production (CASP8, PIK3R1, PPA1, PARP1, CSNK2A1, NGFR, and RHOA), and AD (BCL3, CFLAR, SMAD1, and HIF1A). CONCLUSIONS: This study coupled a consensus module (CM) strategy with the iPINBPA network analysis framework, and applied it to the GWAS of CSF t-tau/Aβ1-42 ratio in an AD study. The genome-wide network analysis yielded 4 enriched CMs that share not only genes related to tau phosphorylation or amyloid beta production but also multiple genes enriching several KEGG pathways such as Alzheimer's disease, colorectal cancer, gliomas, renal cell carcinoma, Huntington's disease, and others. This study demonstrated that integration of gene-level associations with CMs could yield statistically significant findings to offer valuable biological insights (e.g., functional interaction among the protein products of these genes) and suggest high confidence candidates for subsequent analyses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».