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Enregistrement W2619186549 · doi:10.1093/jnci/djx084

Two Novel Susceptibility Loci for Prostate Cancer in Men of African Ancestry

2017· review· en· W2619186549 sur OpenAlexaff
David V. Conti, Kan Wang, Xin Sheng, Jeannette T. Bensen, Dennis J. Hazelett, Michael B. Cook, Sue A. Ingles, Rick A. Kittles, Sara S. Strom, Benjamin A. Rybicki, Barbara Nemesure, William B. Isaacs, Janet L. Stanford, Wei Zheng, Maureen Sanderson, Esther M. John, Jong Y. Park, Jianfeng Xu, Victoria L. Stevens, Sonja I. Berndt, Chad D. Huff, Edward D. Yeboah, Yao Tettey, Richard Biritwum, Andrew A. Adjei, Evelyn Tay, Ann Truelove, Shelley Niwa, Thomas A. Sellers, Kosj Yamoah, Adam B. Murphy, Dana C. Crawford, Susan M. Gapstur, William S. Bush, Melinda C. Aldrich, Olivier Cussenot, György Petrovics, Jennifer Cullen, Christine Neslund‐Dudas, Mariana C. Stern, Zsofia Kote‐Jarai, Koveela Govindasami, Anand P. Chokkalingam, Ann W. Hsing, Phyllis J. Goodman, Thomas J. Hoffmann, Bettina F. Drake, Jennifer J. Hu, Peter E. Clark, Stephen K. Van Den Eeden, Pascal Blanchet, Jay H. Fowke, Graham Casey, Anselm Hennis, Ying Han, Alexander Lubwama, Ian M. Thompson, Robin J. Leach, Douglas F. Easton, Fredrick R. Schumacher, David Van Den Berg, Susan Gundell, Alex Stram, Peggy Wan, Lucy Xia, Loreall Pooler, James L. Mohler, Elizabeth T. H. Fontham, Gary J. Smith, Jack A. Taylor, Shiv Srivastava, Rosalind A. Eeles, John D. Carpten, Adam S. Kibel, Luc Multigner, Marie‐Élise Parent, F. Ménégaux, Géraldine Cancel‐Tassin, Eric A. Klein, Laurent Brureau, Daniel O. Stram, Stephen Watya, Stephen J. Chanock, John S. Witte, William J. Blot, Brian E. Henderson, Christopher A. Haiman

Notice bibliographique

RevueJNCI Journal of the National Cancer Institute · 2017
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueProstate Cancer Treatment and Research
Établissements canadiensInstitut National de la Recherche Scientifique
Organismes subventionnairesNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Cancer InstituteCancer Research UK
Mots-clésAlleleProstate cancerGermlineGeneticsOdds ratioBiologyPopulationAllele frequencyHaplotypeCHEK2Single-nucleotide polymorphismGenome-wide association studyOncologyGermline mutationCancerInternal medicineMedicineGeneGenotypeMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Prostate cancer incidence is 1.6-fold higher in African Americans than in other populations. The risk factors that drive this disparity are unknown and potentially consist of social, environmental, and genetic influences. To investigate the genetic basis of prostate cancer in men of African ancestry, we performed a genome-wide association meta-analysis using two-sided statistical tests in 10 202 case subjects and 10 810 control subjects. We identified novel signals on chromosomes 13q34 and 22q12, with the risk-associated alleles found only in men of African ancestry (13q34: rs75823044, risk allele frequency = 2.2%, odds ratio [OR] = 1.55, 95% confidence interval [CI] = 1.37 to 1.76, P = 6.10 × 10-12; 22q12.1: rs78554043, risk allele frequency = 1.5%, OR = 1.62, 95% CI = 1.39 to 1.89, P = 7.50 × 10-10). At 13q34, the signal is located 5' of the gene IRS2 and 3' of a long noncoding RNA, while at 22q12 the candidate functional allele is a missense variant in the CHEK2 gene. These findings provide further support for the role of ancestry-specific germline variation in contributing to population differences in prostate cancer risk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,967
Score d'incertitude au seuil0,994

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,321
Tête enseignante GPT0,519
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations88
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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