DIPG-29. GENOMIC LANDSCAPE OF DIFFUSE INTRINSIC PONTINE GLIOMA: AN ANALYSIS OF THE DIPG-BATS COHORT
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) remains a devastating and incurable disease. The DIPG-BATs clinical trial incorporates diagnostic biopsy with molecularly determined treatment stratification. Here we present the initial genomic analysis of the DIPG-BATs cohort. METHODS: Children enrolled on the DIPG-BATs clinical trial underwent upfront diagnostic biopsies prior to commencement of therapy. RNA and DNA were extracted from single core biopsies and subjected to whole-genome sequencing (WGS) and RNA-sequencing. Tumor samples were also collected at autopsy if there was parental consent. RESULTS: Fifty-three patients were enrolled on study, of whom 50 underwent biopsy. There were no biopsy-related deaths. A mean of 5ug of RNA and 10ug of DNA were extracted from single frozen cores. WGS on 41 DIPG samples (including eight autopsy samples) revealed a mean mutation rate of 0.753 mutations per Mb. We confirmed TP53, PIK3CA, H3F3A, ACVR1, PPM1D, and HIST1H3B to be recurrently mutated in DIPG. Additional mutations were found in epigenetic modifiers including ASXL1. Copy-number analysis revealed PDGFRA to meet statistical significance as a recurrent amplification peak in DIPG (q<0.25). Gene-set analysis revealed mutations in the TERT pathway, ARF pathway, AKT/PTEN pathway, TP53 pathway, cell cycle and apoptosis pathways to be statistically enriched across the cohort (q<0.10). Analysis of paired diagnosis and autopsy samples revealed evolution of tumors following treatment. Samples obtained at autopsy exhibited a significantly increased mean mutation rate compared to untreated biopsies (p<0.0001). CONCLUSIONS: Whole-genome sequencing of DIPG-BATs samples confirms driver mutations in multiple pathways implicated in cancer. Initial investigation of paired biopsy and autopsy samples allows the analysis of the genomic evolution of DIPG. These findings shed insight into both oncogenic and resistance drivers in DIPG. *equal contribution
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».