Clear Cell Renal Cell Carcinoma with Biallelic Inactivation of CDKN2A/B on 9p21 have Distinct Gene Expression Signature and are Associated with Poor Prognosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Purpose The clinical implications of biallelic inactivation of CDKN2A/B in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) and relevant dysregulated biological pathways and gene signatures were investigated. Materials and Methods Data were obtained from the TCGA data set and validated using Project GENIE and previously published dataset. CDKN2A/B allelic status was classified into 3 groups, including biallelic CDKN2A/B inactivation (homozygous deletion or combined heterozygous deletion and mutation), monoallelic CDKN2A/B loss (heterozygous deletion or mutation) and absent CDKN2A/B allelic loss. Univariate and multivariate cancer-specific survival and disease-free survival analyses were performed. Integrated analyses of copy number, gene expression (mRNA and miRNA), protein expression and methylation changes were conducted. Results Of 440 patients with ccRCC 17 (3.9%) had biallelic CDKN2A/B inactivation and 116 (26.4%) had monoallelic CDKN2A/B loss. CDKN2A/B allelic inactivation was associated with late tumor stage, high histological grade, presence of metastasis and greater tumor size. Patients with biallelic deletion of CDKN2A/B showed significantly worse cancer-specific survival and disease-free survival (p<0.0001). Significant co-occurrence of MTAP homozygous deletion was observed in CDKN2A/B biallic inactivated tumors (46.7%; p<0.001). Significant underexpression of CDKN2A/B was observed in biallelic inactivated tumors at the mRNA and protein levels. miR-21 was the most highly expressed miRNA in biallelic inactivated tumors. Biallelic inactivated tumors were significantly enriched for genes related to activation of ATR in response to replication stress and miR-21 target genes. Conclusions CDKN2A/B biallelic inactivation may be a prognostic marker for ccRCC and is associated with distinct dysregulation of gene expression signatures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».