A.04 Functional investigations of CIC and ATXN1L in Oligodendroglioma
Notice bibliographique
Résumé
Background: Oligodendroglioma (ODG), a molecularly defined subtype of glioma, is a treatment responsive, slow growing tumour strongly associated with IDH mutation and 1p19q co-deletion. Mutations in Capicua ( CIC ), located on chromosome 19q, have been found in up to 70% of IDH mutated, 1p19q co-deleted ODGs; suggesting that loss or altered function of CIC may be crucially associated with ODG’s unique biology. CIC and ATXN1L have previously been implicated in neurodegeneration, however, this interaction has not been studied in cancer. Methods: Transcriptome profiling of CIC knockout HEK293 cell lines generated using CRISPR was performed using microarray. CIC and ATXN1L interaction was confirmed using immunoprecipitation and immunofluorescence. Transcript and protein changes of CIC targets were tested using RT-qPCR and Western blot following ATXN1L siRNA knockdown. Results: Transcriptomic profiling of CIC knockout cell lines resulted in a list of candidate CIC target genes validated against clinical samples. Immunoprecipitation and immunofluorescence confirmed CIC and ATXN1L interaction. Derepression of candidate CIC targets at transcript and protein levels was seen upon siRNA knockdown of ATXN1L. Conclusions: The interaction between CIC and ATXN1L is necessary for the repression of CIC target genes, including known oncogenes. Further research into the relationship between CIC and ATXN1L may lead potentially novel avenues of therapeutic approaches for less favorable gliomas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,007 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».