Lentiviral Fluorescent Genetic Barcoding for Multiplex Fate Tracking of Leukemic Cells
Notice bibliographique
Résumé
Tracking the behavior of leukemic samples both in vitro and in vivo plays an increasingly large role in efforts to better understand the leukemogenic processes and the effects of potential new therapies. Such work can be accelerated and made more efficient by methodologies enabling the characterization of leukemia samples in multiplex assays. We recently developed three sets of lentiviral fluorescent genetic barcoding (FGB) vectors that create 26, 14, and 6 unique immunophenotyping-compatible color codes from GFP-, yellow fluorescent protein (YFP)-, and monomeric kusabira orange 2 (mKO2)-derived fluorescent proteins. These vectors allow for labeling and tracking of individual color-coded cell populations in mixed samples by real-time flow cytometry. Using the prototypical Hoxa9/Meis1 murine model of acute myeloid leukemia, we describe the application of the 6xFGB vector system for assessing leukemic cell characteristics in multiplex assays. By transplanting color-coded cell mixes, we investigated the competitive growth behavior of individual color-coded populations, determined leukemia-initiating cell frequencies, and assessed the dose-dependent potential of cells exposed to the histone deacetylase inhibitor Entinostat for bone marrow homing. Thus, FGB provides a useful tool for the multiplex characterization of leukemia samples in a wide variety of applications with a concomitant reduction in workload, processing times, and mouse utilization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».