Above and Below Ground Fungal Diversity in a Hemlock-dominated Forest Plot in Southern Ontario and the Phylogenetic Placement of a New Ascomycota Subphylum
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this thesis was to assess the diversity and community structure of fungi in a forest plot in Ontario using a variety of field sampling and analytical methods. Three broad questions were addressed: 1) How do different measures affect the resulting view of fungal diversity? 2) Do fruiting bodies and soil rDNA sampling detect the same phylogenetic and ecological groups of Agaricomycotina? 3) Will additional rDNA sampling resolve the phylogenetic position of unclassified fungal sequences recovered from environmental sampling? Generally, richness, abundance, and phylogenetic diversity (PD) correspond and identify the same dominant fungal groups in the study site, although in different proportions. Clades with longer branch lengths tend to comprise a larger proportion of diversity when assessed using PD. Three phylogenetic-based comparisons were found to be variable in their ability to detect significant differences. Generally, the Unifrac significance measure (Lozupone et al., 2006) is the most conservative, followed by the P-test (Martin, 2002), and Libshuff library comparison (Singleton et al., 2001) with our dataset. Fruiting body collections and rDNA sampling recover largely different assemblages of fungi at the species level; however, both methods identify the same taxonomic groups at the genus-order level as well as ectomycorrhizal fungi as the dominant functional type of Agaricomycotina. This work also shows that the Soil Clone Group I (SCGI) clade is widespread in soils of diverse origins and represents a novel subphylum of Ascomycota.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».