A <i>Varroa destructor</i> protein atlas reveals molecular underpinnings of developmental transitions and sexual differentiation
Notice bibliographique
Résumé
Summary Varroa destructor is the most economically damaging honey bee pest, weakening colonies by simultaneously parasitizing bees and transmitting harmful viruses. Despite these impacts on honey bee health, surprisingly little is known about its fundamental molecular biology. Here we present a Varroa protein atlas crossing all major developmental stages (egg, protonymph, deutonymph and adult) for both male and female mites as a web-based interactive tool ( http://foster.nce.ubc.ca/varroa/index.html ). By intensity-based label-free quantitation, 1,433 proteins were differentially expressed across developmental stages, including two distinct viral polyproteins. Enzymes for processing carbohydrates and amino acids were among many of these differences as well as proteins involved in cuticle formation. Lipid transport involving vitellogenin was the most significantly enriched biological process in the foundress (reproductive female) and young mites. In addition, we found that 101 proteins were sexually regulated and functional enrichment analysis suggests that chromatin remodeling may be a key feature of sex determination. In a proteogenomic effort, we identified 519 protein-coding regions (169 of which were differentially expressed) supported by 1,464 peptides which were previously unannotated. Since this is a recurring trend with annotating genomes of non-model species, we analyzed their amino acid and nucleotide composition as well as their orthology to other species to suggest reasons why they may have been missed initially. Overall, this work provides a first-of-its-kind interrogation of the patterns of gene expression that govern the Varroa life cycle and the tools we have developed will support further research on this threatening honey bee pest.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».