Molecular Evolution of Posttranslational Regulation in Intrinsically Disordered Regions
Notice bibliographique
Résumé
Protein posttranslational regulation is a major facet of protein function, and efforts have been made to systematically characterize the level of control of proteins. For example, systematic determination of protein localization, phosphorylation, and interactions have allowed the examination of the regulatory network of the cell. However, the study of the evolution of this underlying regulatory network requires a higher resolution analysis of the sequences that are responsible for this level of control. The overarching goal of this thesis was to examine the role of the evolution of protein regulatory sequences as a molecular mechanism driving functional diversity. I developed computational tools and methods for the identification and characterization of these regulatory sequences, as well as experimental approaches to study the evolutionary impact of changes within these sequences.I first characterized the evolution of phosphorylation sites and used the property that they are strongly conserved relative to their flanking disordered regions as a computational means to systematically identify motifs in the budding yeast proteome. These results suggest that incorporating evolutionary conservation is sufficient for the prediction of around 30% of the known short linear motifs. Applying these computational approaches to the budding yeast proteome showed that thousands of short linear motifs exist and still remain uncharacterized.Using a relative rates test, I showed that motifs frequently change selective constraints after gene duplication and showed that these changes can alter protein regulation over evolution. Finally, I designed a high-throughput experimental pipeline to systematically, quantitatively and precisely assess the fitness consequences of rewiring a regulatory network and applied it to test whether a bi-functional protein has sub-functionalized over evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».