Relationship between the <i>TERT, TNIP1</i> and <i>OBFC1</i> genetic polymorphisms and susceptibility to colorectal cancer in Chinese Han population
Notice bibliographique
Résumé
// Chuang Li 1, 2 , Zixuan Zhao 3 , Jun Zhou 2 , Ying Liu 2 , Hao Wang 2 and Xinhan Zhao 1 1 Department of Medical Oncology, The First Affiliated Hospital of Xi’an Jiaotong University, Xi’an, Shaanxi 710061, China 2 Department of Interventional Therapy, Affiliated Zhongshan Hospital of Dalian University, Dalian, Liaoning 116001, China 3 Elite Property Management Ltd, Saskatoon, SK S7H 0S6, Canada Correspondence to: Xinhan Zhao, email: zhaoxinhanprof@163.com Keywords: colorectal cancer, polymorphism, TERT, TNIP1, OBFC1 Abbreviations: CRC: colorectal cancer; SNP: single nucleotide polymorphism; OR: odds ratio; CI: confidence interval; LD: linkage disequilibrium Received: March 29, 2017 Accepted: April 27, 2017 Published: June 06, 2017 ABSTRACT Colorectal cancer (CRC) is one of the most common diseases worldwide, and telomere length has been reported correlate with CRC. This study aimed to investigate whether polymorphisms of telomere length related genes are associated with susceptibility to CRC in Chinese Han population. 11 SNPs from TERT , TNIP1 and OBFC1 genes were selected and genotyped, in addition odds ratio (OR) and 95% confidence intervals (CI) were used to evaluate association between the SNPs and CRC risk in 247 patients clinically and 300 controls in a Chinese Han population. Our results showed that minor allele “G” of rs7708392 and minor allele “C” of rs10036748 in TNIP1 gene were significantly associated with an increased the CRC risk in genotype model, dominant model and additive model after Bonferroni’s multiple adjusted ( P <0.0011). Moreover, the two SNPs rs7708392 and rs10036748 were in strong linkage disequilibrium. We observed that the haplotype “G-C” was more frequent among CRC patients and associated with a 1.58-fold increased CRC risk (95%CI=1.17-2.13, P =0.003). Contrarily, haplotype “C-T” was associated with a 0.63-fold reduced CRC risk (95%CI=0.47-0.86, P =0.003). Additionally, SNPs in this study except rs7708392 and rs10036748 were found a modest connection with CRC risk. In conclusion, our study firstly provides evidence for a novel association between polymorphisms of telomere length related TNIP1 gene and CRC susceptibility in Chinese Han population, and the results need a further identification in a large sample size and other populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».