Elongation Factor P-Dependent Translation and Metabolic Phenotypes of Salmonella
Notice bibliographique
Résumé
The facultative intracellular pathogen Salmonella has acquired adaptations contributing to virulence, including pathogenicity islands and regulatory alterations. Elongation factor P (EF-P) is a universally conserved translation factor, and deletion of efp in Salmonella results in pleiotropic phenotypes, including hyperactive metabolism, reduced stress resistance, and avirulence. Crystal structures demonstrated that EF-P adopts the shape of a tRNA and binds to the ribosome to stimulate peptide bond synthesis. Preliminary analyses suggested that EF-P is not a general translation factor but rather influences a specific subset of proteins. In this thesis I investigate the mechanism underlying EF-Pâ s impact on translation and how its deletion leads to the observed phenotypes. I present the Salmonella EF-P-dependent proteome, and particular proteins offer explanations for efp mutant phenotypes. Meanwhile, other groups discovered that EF-P rescues ribosomes stalled at polyproline motifs. I expand upon their work and show that polyproline motifs are not strictly necessary or solely sufficient to render a protein dependent on EF-P. I demonstrate that residues upstream of the polyproline motif significantly influence stall strength. Furthermore, translation initiation rate greatly impacts EF-P-dependence. I present a model wherein elongation stalls only reduce protein synthesis if they are more rate-limiting than translation initiation. While examining efp mutants, I discovered a novel phenotype of wild-type Salmonella. When dicarboxylates are the sole carbon source, Salmonella represses its growth using the general stress response sigma factor RpoS, the RpoS-stabilizer IraP, and repression of the dicarboxylate transporter DctA. Moreover, E. coli does not exhibit this phenotype and the E. coli dctA promoter is sufficient to induce Salmonella growth. This divergence suggests a potential role in virulence, and I examine the accumulation of succinate and itaconate in activated macrophage. I demonstrate that the dicarboxylate phenotype does not influence intracellular survival, and I propose novel hypotheses of why Salmonella has evolved this trait.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».