Stages and Transcriptional Regulation of Innate Lymphoid Cell Development
Notice bibliographique
Résumé
In recent years it has become apparent that innate lymphoid cells (ILCs) play major roles in infectious, inflammatory and allergic diseases as well as tissue homeostasis. However many of the models used to study the requirement for ILCs, also have effects on other cells of the immune system, particularly T cells. This deficit in ILC-specific deletion models, highlights a need to better understand ILC development for the identification of ILC specific master regulators. Our lab has recently identified a committed ILC precursor in the bone marrow and fetal liver based on the high expression of the NKT master regulator PLZF. This precursor gives rise to all known ILC lineages, ILC1, 2, and 3, but not LTi or NK. However the stages of development and factors involved in the emergence of the PLZF expressing precursor and factors involved in the trifurcation of the ILC precursor into ILC1, 2, and 3 remain to be identified. We use single-cell multiplex qPCR of defined ILC precursors to assess their transcriptional profiles and establish a hierarchy of ILC development and ILC developmental transcription factors. We identified early clusters of precursors that corresponded to αLP that expressed Id2, Nfil3 and Tox, but lacked expression of ILC lineage specific markers. We also identified a transitional cluster of precursors that marked the bifurcation of ILCP and LTiP and interestingly expressed high levels of Sox4 and Runx1, which heretofore have not been well studied in ILC development. We also identified the ILCP as the stage of lineage trifurcation of ILCs, a process which we show to occur through multi-lineage priming. These results are the basis for a blueprint of ILC development and provide insight into the differentiation of ILC lineages. The precise definition of ILC developmental precursors and intermediates will allow for the identification of novel regulators and the development of improved models to study the function of ILCs and their importance in human disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».