Notice bibliographique
Résumé
In this thesis I provide among the first detailed studies of orangutan host/parasite co-evolution by bridging the disciplines of molecular virology/parasitology and biological anthropology. I used the tools of both disciplines to study the evolution of three infectious agents: simian foamy virus (SFV), simian T-lymphotropic virus 1 (STLV-1), and the protozoan parasite, Plasmodium, in orangutans Genus Pongo. Key to my thesis is the importance placed on the use of accurate calibration dates informed by archaeological and fossil data. Using this approach, I examine the evolutionary history of these infectious agents, including an estimation of the ages of divergence. The results suggest that SFV is the oldest of these infectious agents in orangutans, dating to >4 million years ago. My results challenge a previous hypothesis surrounding the appearance of a unique cladistic pattern for orangutan SFV based on the Mount Toba supervolcanic eruption at ~73 kya. The results of the present research suggest that the events leading to the development of this clade pattern is ~1.6 million years old, which rules out the Toba supereruption. My results also showed that there is a statistically significant level of host-virus coevolution in orangutans. My thesis research indicates the Plasmodium parasites in orangutans are much younger than previously thought. Finally, I estimate the origins of PTLV-1 in orangutans to between 7-343.7 kya. Overall, my thesis shows that the Pleistocene was an important period for the evolution of these infectious agents in orangutans and that it is at least possible that some of this evolution occurred on the Indochinese mainland before orangutans reached the islands of Sumatra and Borneo.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».