Identification of Group B Streptococcus Capsule Type by Use of a Dual Phenotypic/Genotypic Assay
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The group B streptococcus (GBS) capsular polysaccharide (CPS) is an important virulence factor which is also used for GBS typing. There are 10 CPS types (Ia, Ib, and II to IX). GBS that do not phenotypically type are considered nontypeable. All genes required for CPS synthesis are found on the GBS cps operon, which contains a highly variable CPS-determining region ( cpsG-cpsK ). The objective of this study was development of an assay to detect sialic acid on the GBS cell surface, followed by a genotypic PCR CPS typing assay. Sialic acid is located at the terminal end of the side chain of all known GBS CPS types. Sialic acid can be bound to commercially available lectins such as slug Limax flavus lectin. Biotinylated L. flavus -streptavidin-peroxidase complex was used in an enzyme immunoassay and dot blot assay to detect sialic acid. This was followed by a PCR typing scheme that was developed to target the serotype-determining region of the cps locus for Ia, Ib, and II to IX. Sialic acid from the CPS types Ia, Ib, and II to IX was detectable on the GBS cell surfaces of all previously identified CPS-typed GBS strains assayed. This was followed by the real-time PCR typing assay which successfully identified CPS Ia, Ib, and II to IX types. The combination of phenotypic and genotypic assays provides an accurate tool for detection of CPS expression and assignment of CPS typing. These assays have the potential to be used for CPS typing in large-scale epidemiological studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».