The Nature of Variation in Mutational Properties: Context-dependent Changes in Mutation Rates and Mutational Fitness Effects
Notice bibliographique
Résumé
Evaluating the evolutionary role of mutations depends on an understanding of their major properties, including their rate of origin, U, and the distribution of their fitness effects, f(s). While substantial effort has been put into measuring these properties, most studies have only examined their distributions in a single context. In nature, spontaneous mutations are likely to experience heterogeneity in genetic and environmental context, and this could lead to variation in both U and f(s). My thesis investigates the changes in U and f(s) with different genetic and environmental factors in Drosophila melanogaster, in order to elucidate the nature of context-associated variation in mutational properties. Examination of condition-dependent variation in DNA repair showed that high and low conditioned individuals differ in the use of alternative repair pathways. This could ultimately lead to variance in their heritable mutation rates. However, the assumption that condition dependence in repair arises solely due to a presumed trade-off between accuracy and the energetic costs associated with different repair pathways is too simplistic. Instead, physiological considerations appear to mediate condition-dependent changes in DNA repair. Measurements of selection on individual mutations across different genetic and environment contexts showed that context-associated changes in mutational fitness effects are common. I found that heterogeneity in fitness effects across different environments result in changes to the overall mean and variance of f(s). This does not, however, seem attributable to the degree of ‘adaptedness’ of a population to a particular environment (a prediction generated by previous theoretical analysis). On the other hand, f(s) appears to be relatively robust to differences among genotypes, with epistasis averaging close to zero. This finding suggests that genetic and environmental perturbations may affect mutations differently. Overall, my thesis represents the most rigorous empirical investigation to date of the conceptual and theoretical predictions regarding the nature of context-dependent heterogeneity in U and f(s) for multicellular eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».