Whole genome BAC array detects described and novel regions of alteration in oral tumors
Notice bibliographique
Résumé
Proc Amer Assoc Cancer Res, Volume 45, 2004 1690 Each year, there are ∼300,000 cases of oral squamous cell carcinoma (OSCC) world-wide. Most cases are not diagnosed or treated until the advanced stages of disease. As a result, patients have a poor prognosis with a 5-year survival rate of just 50%. However, if diagnosed at the pre-malignant stages, prognosis and survival rates improve. Identification of novel genetic alterations in oral dysplasias and tumors will provide novel targets for early diagnosis and treatment. LOH studies on OSCC have identified the earliest genetic alterations to occur on chromosome 9p, followed by 3p and than 17p. However, LOH is not designed to distinguish copy number amplifications from deletions and the resolution is limited. Similarly, conventional CGH, although able to distinguish between copy number increases and decreases, also provides limited resolution. Here, we present a new genome-wide approach to fine-map these alterations with ∼80kb resolution in order to identify novel genes involved in OSCC. OBJECTIVE : The objective of this study is to detect novel regions of alteration in OSCCs using our high resolution human whole genome BAC array CGH technology in order to elucidate the genetic mechanisms underlying OSCC. METHODS: In this study we utilized a BAC array comprised of 32,433 mostly over-lapping BAC clones spanning the entire human genome. DNA from each BAC clone was PCR-amplified and spotted in triplicate onto two glass slides. Tumor DNA, extracted from OSCC specimens and normal reference DNA was labeled with cyanine-dyes, co-hybridized onto whole genome BAC array slides, and scanned for each dye to determine the hybridization signal intensity ratios for each loci. The data was plotted to reveal copy number amplification and deletions across all chromosomes in the human genome. RESULTS: We profiled OSCC using our human whole genome BAC arrays. Alignment of the profiles from each sample revealed recurrent alterations on multiple chromosome arms. Previously reported alterations such as those on 3p and 8q and novel genetic alterations were identified. CONCLUSION : Genome profiling OSCCs using our human whole genome BAC array revealed copy number alterations of novel and known regions. Further expression analysis will elucidate the biological mechanisms underlying OSCC progression. This work was supported by funds from Genome Canada/BC, CIHR and NICDR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».