Genetic Testing in a Cohort of Complex Esophageal Atresia
Notice bibliographique
Résumé
The objective of the present study is to describe a cohort of complex esophageal atresia and the yield of genetic tests performed for such patients. We selected 45 patients with complex esophageal atresia (EA), namely those having at least one associated anomaly. We reviewed their medical records to assess clinical features, other diagnoses, and genetic investigations. Most of the patients had a diagnosis of VACTERL association (56%) with no genetic variant identified. Interestingly, 5 patients in the cohort (11%) had a right pulmonary hypoplasia or agenesis. A majority of our cohort (73%) had genetic testing; 60% were karyotyped (abnormal in 4 of the 27 patients tested), 31% had aCGH (abnormal in 1 of the 14 patients tested), and 31% had diepoxybutane (DEB) testing for Fanconi anemia (abnormal in 2 of the 14 patients tested). One patient had exome sequencing studies, but no candidate gene was identified. Various anomalies were associated with EA, and overall a genetic variant could be identified in 7 of the 33 patients tested. Chromosomal studies such as aCGH and chromosomal breakage studies should be considered, and their yield varied between 7 and 14%. Other genetic investigations such as exome sequencing could possibly have even higher yields but will need to be assessed in a large cohort. Improved genetic diagnoses in EA may improve the management of these patients by directing specific surveillance and management schemes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».