Temporal variation of the microbiome is dependent on body region in a wild mammal (Tamiasciurus hudsonicus)
Notice bibliographique
Résumé
Microbial communities are increasingly being recognized as important to host health in wild mammals, but how these communities are characterized can have important consequences on the results of these studies. Previous research has explored temporal variation in microbial communities in humans and lab mammals, but few have investigated how microbiomes fluctuate in wild populations and none have examined the temporal dynamics of these fluctuations in different body regions on a wild mammal. Using Illumina MiSeq sequencing of the V3-V4 16S rRNA gene regions, we characterized the buccal and gut microbiomes of wild North American red squirrels, Tamiasciurus hudsonicus, to measure changes in these two microbiomes over short (<2 weeks), medium (2-4 weeks) and long (>1 month) term sampling periods. While we observed short and medium temporal stability in the buccal microbiome, the gut microbiome varied between medium and long-term sampling periods. There was no evidence of intra-individual correlations between buccal and gut microbiome change, suggesting that temporal stability is dependent on the body region and factors affecting microbial stability may be specific to body sites. From these findings, we urge researchers to be cautious in interpreting results from single temporal sampling periods when quantifying characteristic microbiomes in wild mammals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».