A simple and integrated workflow for deep proteomic and transcriptomic analysis of sorted cell populations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In addition to the long standing efforts to understand and manipulate the immune system in the treatment of autoimmune diseases, the immune system is increasingly becoming a direct target for cancer therapeutics. Recent advances in flow and mass cytometry have greatly expanded the number of immune cell parameters that can be interrogated resulting in an improved understanding of the immune system heterogeneity. These technologies, however, remain limited in the number and types of analytes that can be examined in a single clinical sample. The NanoString nCounter® platform enables the highly multiplexed digital analysis of both RNA and protein from a single biological specimen for multiple research applications. We have recently developed the nCounter® Vantage 3D™ RNA:Protein Immune Cell Profiling Assay for research applications, which interrogates 30 cell surface proteins and 770 immune-related RNAs starting with cells in suspension. Expanding on this, we demonstrate the development of a streamlined workflow that integrates standard immune cell sorting with downstream nCounter® analysis. By co-staining PBMCs with both fluorescently-labeled and DNA barcoded antibodies, CD8+ and CD4+ T cells and CD19+ B cells were isolated followed by analysis of dozens of additional proteins and 770 RNA from each sorted population. Demonstrating the value of this workflow in analyzing potentially rare cell populations, the number of target cells were titrated to determine the sensitivity of the workflow. Without the requirement for additional molecular biology methods, such as RNA purification or sequencing library construction, this method is ideally suited for incorporation into any cell sorting workflow.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».