Incidental germline findings identified in a somatic genomic sequencing program for advanced cancer patients.
Notice bibliographique
Résumé
1532 Background: Next generation sequencing (NGS) of tumor DNA is used to match precision cancer therapies. Germline DNA is often co-analyzed to aid in tumor variant interpretation, but may identify a previously unrecognized hereditary cancer syndrome (HCS). We reviewed germline variants and analyzed patients’ (pts) preferences in learning about HCSs discovered through an institutional somatic NGS program (NCT01505400). Methods: Advanced cancer pts with ECOG ≤ 1 were offered tumor-germline NGS using the Illumina TruSeq Amplicon Cancer Panel with 48 cancer genes designed specifically for somatic profiling. This also included the HCS genes: APC, ATM, CDH1, CDKN2A, KIT, MET, MLH1, PTEN, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, STK11, TP53, and VHL. All pts were provided with an optional IRB-approved consent for return of incidental germline pathogenic/likely pathogenic variants in HCS genes with appropriate genetic counselling. Results: From Aug/2013 to Nov/2015, 1937 pts were enrolled. Median age was 59, 67% were women and 18% had prior genetic testing. 1817 pts (94%) consented to be informed of incidental germline results and 103 pts (5%) declined, with no statistically significant differences based on age, sex, race or prior genetic testing. Of 1538 pts (85%) who successfully underwent NGS testing of tumor and germline, eight were found to have pathogenic germline variants in HCS genes. Three pts were previously clinically identified: one with Familial adenomatous polyposis (APC) and two with Li-Fraumeni syndrome (LFS, TP53). Five pts had previously unrecognized germline pathogenic variants: three in TP53 (LFS), of which only one fulfilled Chompret’s criteria, and one in SMARCB1 (schwannomatosis) in the absence of syndrome features. One harbored a TP53variant at 16% allele frequency suggesting an acquired event in blood, rather than LFS. Conclusions: Interest in the return of germline results is high among pts with advanced cancers who undergo somatic profiling. Despite not conducting comprehensive analysis of all potential germline variants, a number of HCSs were still incidentally identified, supporting the involvement of genetic counselling in somatic profiling programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».