Utilization of the 21-gene assay for breast cancer treatment decision-making in Alberta.
Notice bibliographique
Résumé
e12024 Background: The 21-gene assay (Oncotype DX) was publicly funded in Alberta in March 2014. At the discretion of the consulting oncologist, testing was offered to eligible women to facilitate systemic therapy decision-making. Oncologists recorded their pre-test chemotherapy (CT) recommendation (no, yes, unsure). Methods: Retrospective chart review of patients age ≤ 70 with grade 2 or 3 estrogen receptor positive, HER-2 negative, lymph node negative breast cancer seen at the two tertiary cancer centers in Alberta, Canada (March 2014- June 2015). Patient, tumor, 21-gene assay, and treatment information was recorded. Logistic regression analyses exploring predictors of 21-gene assay use and CT recommendation will be performed. Results: Of 591 eligible patients, 590 were female. Most of the tumors were grade 2 (394; 67%), did not have lymph-vascular invasion (468; 79%) and were 10 to 20 mm in size (T1c; 295; 50%). One hundred and five patients (28%) had 21-gene assay testing completed. In 348 cases (59%) the treating oncologist made treatment recommendations based on patient/tumor characteristics only, 18 (4%) patients were not candidates for CT (3%), 51 (9%) refused CT and 9 (2%) requested CT. For those who had 21-gene assay testing, recurrence risk was low (RS 0-18) in 113 (68%) patients, intermediate (RS 19-30) in 37 (22%), and high ( ≥ 31) in 13 (8%). In two cases, the tissue sample was insufficient for analysis. CT was administered to 1/113 ( < 1%) patients with low risk, 9/37 (24%) with intermediate risk and 13/13 (100%) with high risk. Conclusions: Of eligible patients, 28% had 21-gene assay testing completed. The majority of those tested had a low or intermediate RS and did not receive CT. We will present impact of 21-gene assay results on oncologists’ CT recommendation and regression analyses for predictors of 21-gene assay use, results and CT recommendation. 21-gene assay completed (n = 165) 21-gene assay not done (n = 426) Median age (range) 55 (34-70) 59 (24-70) Local-regional treatment Breast conservation + radiation 99 (60%) 275 (65%) Mastectomy 66 (40%) 151 (35%) Hormonal therapy Yes 159 (96%) 363 (85%) No 6 (4%) 59 (14%) Unknown 0 4 (1%) Chemotherapy Yes 23 (14%) 140 (33%) No 142 (86%) 284 (67%) Unknown 0 2 ( < 1%)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».