Characterizing the Biological Functions of Five Shikimate Dehydrogenase Homologs Enzymes in Pseudomonas putida KT2440
Notice bibliographique
Résumé
The shikimate pathway links carbohydrate metabolism to biosynthesis of the aromatic amino acids in plants, fungi, bacteria and apicomplexan parasites. The pathway has seven enzymatic steps which convert erythrose-4-phosphate and phosphoenolpyruvate to chorismate, the precursor of tyrosine, tryptophan and phenylalanine. Due to the absence of the pathway in mammalian species, the enzymes are attractive targets for herbicides and antimicrobials. Shikimate dehydrogenase (SDH) catalyses the fourth step, the NADP-dependent reversible reduction of 3-dehydroshikimate to shikimate. Five SDH homologs – AroE, Ael1, YdiB, RifI and SdhL – have been identified through kinetic analysis and phylogenetic studies in the bacterium Pseudomonas putida. SDH homolog gene knockouts (KO) were used to characterize their functions. The AroE KO and Ael1 KO were successfully constructed via gene SOEing of the SDH homolog with a gentamycin antibiotic cassette and homologous recombination via electroporation into WT P. putida KT2440. Preliminary characterization tested KO growth, auxotroph recovery and fluorescent activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».