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Enregistrement W2707544298 · doi:10.1186/s12863-017-0525-3

The relation between DNA methylation patterns and serum cytokine levels in community-dwelling adults: a preliminary study

2017· article· en· W2707544298 sur OpenAlexafffundabout
Chris P. Verschoor, Lisa M. McEwen, Vikas Kohli, Christina Wolfson, Dawn M. E. Bowdish, Parminder Raina, Michael S. Kobor, Cynthia Balion

Notice bibliographique

RevueBMC Genetics · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensImpactMcGill UniversityUniversity of British ColumbiaMcMaster UniversityBC Children's HospitalMcMaster Divinity College
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésEpigeneticsDNA methylationCpG siteMethylationInterleukin 6ImmunologyPeripheral blood mononuclear cellCytokineImmune systemBiologyTumor necrosis factor alphaMedicineDNAGeneticsGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The levels of circulating cytokines fluctuate with age, acute illness, and chronic disease, and are predictive of mortality; this is also true for patterns of DNA (CpG) methylation. Given that immune cells are particularly sensitive to changes in the concentration of cytokines in their microenvironment, we hypothesized that serum levels of TNF, IL-6, IL-8 and IL-10 would correlate with genome-wide alterations in the DNA methylation levels of blood leukocytes. To test this, we evaluated community-dwelling adults (n = 14; 48-78 years old) recruited to a pilot study for the Canadian Longitudinal Study on Aging (CLSA), examining DNA methylation patterns in peripheral blood mononuclear cells using the Illumina HumanMethylation 450 K BeadChip. RESULTS: We show that, apart from age, serum IL-10 levels exhibited the most substantial association to DNA methylation patterns, followed by TNF, IL-6 and IL-8. Furthermore, while the levels of these cytokines were higher in elderly adults, no associations with epigenetic accelerated aging, derived using the epigenetic clock, were observed. CONCLUSIONS: As a preliminary study with a small sample size, the conclusions drawn from this work must be viewed with caution; however, our observations are encouraging and certainly warrant more suitably powered studies of this relationship.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,037
Score d'incertitude au seuil0,632

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,314
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations43
Publié2017
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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