The calmodulin fused kinase novel gene family is the major system in plants converting Ca2+ signals to protein phosphorylation responses
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Eukaryotes utilize Ca2+ as a universal second messenger to convert and multiply environmental and developmental signals to downstream protein phosphorylation responses. However, the phylogenetic relationships of the genes that convert Ca2+ signal (CS) to protein phosphorylation responses (PPRs) remain highly controversial, and their origin and evolutionary trajectory are unclear, which greatly hinders functional studies. Here we examined the deep phylogeny of eukaryotic CS converter gene families and identified a phylogenetically and structurally distinctive monophyly in Archaeplastida. This monophyly can be divided into four subfamilies, and each can be traced to ancestral members that contain a kinase domain and a calmodulin-like domain. This strongly indicates that the ancestor of this monophyly originated by a de novo fusion of a kinase gene and a calmodulin gene. This gene family, with a proposed new name, Calmodulin Fused Kinase (CFK), had expanded and diverged significantly both in sizes and in structures for efficient and accurate Ca2+ signalling, and was shown to play pivotal roles in all the six major plant adaptation events in evolution. Our findings elucidated the common origin of all CS-PPR converter genes except CBL-CIPK converter genes, and revealed that CFKs act as the main CS conversion system in plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».