The <i>Pseudomonas putida</i> CsrA/RsmA homologues negatively affect c‐di‐GMP pools and biofilm formation through the GGDEF/EAL response regulator CfcR
Notice bibliographique
Résumé
Expression of cfcR, encoding the only GGDEF/EAL response regulator in Pseudomonas putida, is transcriptionally regulated by RpoS, ANR and FleQ, and the functionality of CfcR as a diguanylate cyclase requires the multisensor CHASE3/GAF hybrid histidine kinase named CfcA. Here an additional level of cfcR control, operating post-transcriptionally via the RNA-binding proteins RsmA, RsmE and RsmI, is unraveled. Specific binding of the three proteins to an Rsm-binding motif (5'CANGGANG3') encompassing the translational start codon of cfcR was confirmed. Although RsmA exhibited the highest binding affinity to the cfcR transcript, single deletions of rsmA, rsmE or rsmI caused minor derepression in CfcR translation compared to a ΔrsmIEA triple mutant. RsmA also showed a negative impact on c-di-GMP levels in a double mutant ΔrsmIE through the control of cfcR, which is responsible for most of the free c-di-GMP during stationary phase in static conditions. In addition, a CfcR-dependent c-di-GMP boost was observed during this stage in ΔrsmIEA confirming the negative effect of Rsm proteins on CfcR translation and explaining the increased biofilm formation in this mutant compared to the wild type. Overall, these results suggest that CfcR is a key player in biofilm formation regulation by the Rsm proteins in P. putida.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».