Recurrent BRAF Gene Rearrangements in Myxoinflammatory Fibroblastic Sarcomas, but Not Hemosiderotic Fibrolipomatous Tumors
Notice bibliographique
Résumé
Myxoinflammatory fibroblastic sarcoma (MIFS) is a low grade soft tissue sarcoma with a predilection for acral sites, being associated with a high rate of local recurrence but very infrequent distant metastases. Although a t(1;10) translocation resulting in TGFBR3-MGEA5 fusion has been reported as a recurrent genetic event in MIFS, this abnormality is seen only in a subset of cases. As no studies to date have investigated the spectrum of alternative genetic alterations in TGFBR3-MGEA5 fusion negative MIFS, we undertook a genetic analysis of this particular cohort for further molecular classification. Triggered by an index case occurring in the finger of a 37-year-old female and harboring a novel TOM1L2-BRAF fusion by targeted RNA sequencing we investigated potential recurrent BRAF abnormalities by screening a large group of 19 TGFBR3-MGEA5 fusion negative MIFS by fluorescence in situ hybridization. There were 6 (32%) additional MIFS with BRAF genetic abnormalities, including 5 gene rearrangements and one showing BRAF amplification. Interestingly, VGLL3 amplification, a recurrent genetic abnormality coexisting with t(1;10) in some MIFS, was also detected by fluorescence in situ hybridization in 4/6 (67%) BRAF-rearranged MIFS, but not in the BRAF-amplified case. Up-regulated VGLL3 mRNA expression was also demonstrated in the index case by RNA sequencing. The 7 BRAF-rearranged/amplified MIFS arose in the fingers (n=3), and 1 each in wrist, forearm, foot, and knee, of adult patients (36 to 74 y; M:F=4:3). The histologic spectrum ranged from predominantly solid growth of plump histiocytoid to epithelioid tumor cells with focal myxoid change to a predominantly myxoid background with scattered tumor cells. Varying degree of inflammatory infiltrates and large tumor cells with virocyte-like macronucleoli were observed in most cases. Immunohistochemical stains of phosphorylated ERK, a downstream effector of BRAF activation, were positive in all 4 cases tested (2 diffuse strong, 2 focal strong). Unlike t(1;10), BRAF rearrangements were only found in MIFS but not in 6 hemosiderotic fibrolipomatous tumor (HFLT) lacking TGFBR3-MGEA5 fusions (including 2 pure HFLT, 2 hybrid HFLT-MIFS, and 2 associated with pleomorphic hyalinizing angiectatic tumors).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».