Defining the role of the human intestinal microbiota in childhood asthma and atopic disease
Notice bibliographique
Résumé
Asthma is a chronic inflammatory atopic disease of the airways affecting one in ten children in Westernized countries. The microflora hypothesis of allergic disease proposes the intestinal microbiota as a potential mechanistic link connecting environmental exposures to changes in the developing immune system. Further, animal model studies allude to an early life critical window, during which the immune system is most vulnerable to compositional and functional changes in the intestinal microbiota. We conducted an epidemiological assessment of early life environmental factors associated with atopy and wheezing at age 1 year and preschool-age asthma in children enrolled in the Canadian Healthy Infant Longitudinal Development (CHILD) Study (n = 2,695). Here, we identified early life microflora hypothesis related variables (e.g. pre- and post-natal antibiotic exposure, gestational age, and birth mode) as risk and protective factors for asthma and atopic disease. Informed by this epidemiological assessment, we used 16S ribosomal RNA sequencing and quantitative polymerase chain reaction to analyze the 3-month and 1-year fecal microbiota of one-year-old CHILD Study subjects positive or negative for atopy and wheezing (n = 319) and among this same cohort, those who were diagnosed with preschool-age asthma or non-atopic non-wheezing controls (n = 76). The fecal microbiota of atopic wheezing subjects compared to controls showed decreases in the abundances of four gut bacterial genera, Faecalibacterium, Lachnospira, Rothia, and Veillonella, combined with a reduction in fecal acetate at the 3-month time point only. Further, we found shifts in the relative abundances of two bacterial taxa in the 3-month fecal microbiota of preschool-age asthmatic children compared to controls; Lachnospira remained decreased among asthmatic children and Clostridium neonatale was increased in asthmatics. Quartile analysis at 3-months revealed a negative association between the ratio of these two bacteria (Lachnospira/Clostridium neonatale) and asthma risk. Altogether, this research highlights environmental factors that may be contributing to gut bacterial alterations in subjects with asthma or atopic disease. Additionally, these microbial alterations were no longer present by 1-year of age, suggesting the first 100 days of life as the critical window during which taxa-specific gut bacterial dysbiosis is associated with asthma and atopic disease in humans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».