Global Analysis of Gene Expression in the Developing Brain of Gtf2ird1-/- Mice
Notice bibliographique
Résumé
Williams-Beuren Syndrome (WBS) is an autosomal dominant neurodevelopmental disorder caused by hemizygous deletion of a 1.5 Mb region on chromosome 7q11.23. Symptoms are numerous and include behavioural and cognitive components. One of the deleted genes, GTF2IRD1, a putative transcription factor, has been implicated in the neurological features of WBS by studying patients with atypical deletions of 7q11.23. Gtf2ird1-targeted mice have features consistent with the WBS phenotype, namely reduced innate fear and increased sociability. To identify neural targets of GTF2IRD1, microarray analyses were performed comparing gene expression in whole brains of Gtf2ird1-/- and wildtype (WT) mice at embryonic day 15.5 and at birth. Overall, the changes in gene expression in the mutant mice were not striking, with most falling in the range of 0.3 to 2 fold. qRT-PCR was used to verify the expression levels of candidate genes and examination of verified genes revealed that most were located on chromosome 5, within 50 Mb of Gtf2ird1. Expression of these candidate genes in Gtf2ird1-/- mice was found to be the same as in WT 129S1/SvImJ mice, indicating the differences were the result of flanking chromosomal material from the, 129-derived, R1 ES cells from which the Gtf2ird1-/- mice were generated, and that expression differences were unrelated to Gtf2ird1 dosage. Further analysis found that while many genes showed decreased expression using primers targeting the 3’ UTR, expression of upstream exons was not affected. Transcripts using alternative polyadenylation sites were identified using 3’ RACE, and qRT-PCR showed that expression of different 3’ UTR isoforms can occur in a strain specific manner. Expression analysis of previously identified GTF2IRD1 targets also failed to demonstrate an in vivo effect. In summary, I was unable to find any in vivo neuronal targets of this putative transcription factor, despite its robust expression in the developing rodent brain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».