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Enregistrement W2730131755

Probing the Mechanism of Correction in ΔF508-CFTR

2012· dissertation· en· W2730131755 sur OpenAlexfundno aff
Wilson Yu

Notice bibliographique

RevueTSpace (University of Toronto) · 2012
Typedissertation
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeonatal Respiratory Health Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Mots-clésMechanism (biology)Computational biologyComputer scienceBiologyPhysics
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cystic Fibrosis (CF) is caused by mutations in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene, which cause loss function of the CFTR channel on the apical surface of epithelial cells. ΔF508-CFTR, the major mutation in patients, is misfolded, retained in the endoplasmic reticulum (ER) and degraded. Small molecule corrector compounds partially rescue the trafficking defect of ΔF508-CFTR by allowing escape from the ER and trafficking to the plasma membrane where it exhibits partial function. These compounds may bind directly to the mutant protein and rescue the biosynthetic defect by inducing improved protein conformation. We tested this hypothesis by evaluating the consequence of corrector compound on the conformation of each nucleotide-binding domain (NBD) in the context of the full-length mutant protein in limited proteolytic digest studies. We found that VRT-325 was capable in partially restoring compactness only in NBD1. In comparison, ablation of the arginine framed peptide sequence: R553XR555 (ΔF508-KXK-CFTR) modified the protease resistance of NBD1, NBD2 and the full-length protein. Singly, each intervention led to a partial correction of the processing defect. Together these interventions restored processing of ΔF508-CFTR to near wild-type levels. Importantly however, a defect in NBD1 conformation persisted, as did a defect in channel activation after the combined interventions. This defect in channel activation can be fully corrected by addition of the potentiator: VX-770. The experiments performed partly elucidated ii the molecular mechanism of action for drug therapy and suppressor mutation. It is important to understand these basic concepts in hopes to layout a blue print for future drug design.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,298 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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