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Enregistrement W2735303533 · doi:10.1038/s41598-017-05627-z

X-ray crystallographic structure of a bacterial polysialyltransferase provides insight into the biosynthesis of capsular polysialic acid

2017· article· en· W2735303533 sur OpenAlexafffund
Christian Lizak, L.J. Worrall, Lars Baumann, Moritz M. Pfleiderer, Gesa Volkers, Tianjun Sun, Lyann Sim, Warren W. Wakarchuk, Stephen G. Withers, N.C.J. Strynadka

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensToronto Metropolitan UniversityUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesBritish Columbia Knowledge Development FundCanadian Institutes of Health ResearchSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungCanadian Light SourceDeutsche ForschungsgemeinschaftCanada Research ChairsHoward Hughes Medical InstituteMichael Smith Health Research BCNational Science Foundation
Mots-clésPolysialic acidBiosynthesisComputational biologyChemistryBiochemistryBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Polysialic acid (polySia) is a homopolymeric saccharide that is associated with some neuroinvasive pathogens and is found on selective cell types in their eukaryotic host. The presence of a polySia capsule on these bacterial pathogens helps with resistance to phagocytosis, cationic microbial peptides and bactericidal antibody production. The biosynthesis of bacterial polySia is catalysed by a single polysialyltransferase (PST) transferring sialic acid from a nucleotide-activated donor to a lipid-linked acceptor oligosaccharide. Here we present the X-ray structure of the bacterial PST from Mannheimia haemolytica serotype A2, thereby defining the architecture of this class of enzymes representing the GT38 family. The structure reveals a prominent electropositive groove between the two Rossmann-like domains forming the GT-B fold that is suitable for binding of polySia chain products. Complex structures of PST with a sugar donor analogue and an acceptor mimetic combined with kinetic studies of PST active site mutants provide insight into the principles of substrate binding and catalysis. Our results are the basis for a molecular understanding of polySia biosynthesis in bacteria and might assist the production of polysialylated therapeutic reagents and the development of novel antibiotics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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