Characterizing the Termini of Recombinant Proteins
Notice bibliographique
Résumé
Protein diversity is generated throughout a variety of biological mechanisms such as splicing, phosphorylation, acetylation among many other posttranslational modifications (PTMs) that add a chemical group to amino acids on proteins. These modifications have the effect of modifying protein functions, half-life, or cellular localization. Proteolytic processing is another yet irreversible modification that affects the vast majority of proteins, often with great functional consequences. Proteolytic processing has profound effects on the functionality of proteins and can either abrogate or antagonize function, modify half-life, and also determine cellular localization. Hence, determination of the true start of isolated or recombinant proteins is critical to ensure the product will have the desired functionality. However, since processing does not add a chemical group that can be utilized for affinity purification methodologies necessitating different strategies are required to determine the protein starts and ends. Due to the lack of a chemical group that otherwise facilitates affinity purification, N-terminal sequence assignation has unique challenges that have been addressed by biochemical and more recently mass spectrometric technologies. This chapter discusses the classic biochemical method of N-terminal protein determination by Edman sequencing—a classic technique for sequentially sequencing the amino acid residues from the N-terminus of a protein, the limitations of Edman analysis for moieties with blocked N-termini—as well as two separate mass spectrometry (MS)-based approaches. With the increasing availability of whole genome sequences, increasing computational power of modern data deconvolution algorithms and higher-performance liquid chromatography–tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) instrumentation, determination of the true starts of proteins is becoming more routine. We discuss in particular a bottom-up approach, Amino Terminal Orientated Mass Spectrometry (ATOMS), as well as provide a brief discussion on the utilization of top-down MS for identification of intact protein molecules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».