Identification of possible evolutionary pathways of <i>Plum pox virus</i> and predicting amino acid residues of importance to host adaptation
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Plum pox virus (PPV) displays significant genetic diversity that has resulted in the identification of several different strains, some that differ in their biological properties and in their geographic distribution. Some strains are limited in their distribution to a single country, while isolates of PPV strain D are found in every country where the virus has been detected. Many questions remain regarding the evolutionary history of PPV: its genetic (strain) diversification, its origin, its dispersal and the distribution of isolates and/or strains. To explore the evolution of PPV, inferred ancestral sequences were reconstructed at various phylogenetic nodes using PAML. Evidence was obtained that indicates that the strains PPV D and PPV M were likely the earliest strains of PPV to evolve. Specifically considered also was the point at which adaptation occurred that allowed infection of Prunus avium and/or Prunus cerasus, sweet cherry and sour cherry, respectively. Eight amino acid sites were identified that appear to have undergone positive selection during this adaptation process. These amino acid sites cluster into two areas, P1 and VPg. These areas of the genome are known to be important for functions such as the control of viral replication rate. In combination with other data, this information sheds light on functionally significant points along the PPV genome and perhaps even characteristics of ancient PPV populations.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle