P6034 Associations between cis-expression quantitative trait loci markers and host response to Porcine reproductive and respiratory syndrome virus infection
Notice bibliographique
Résumé
Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) is economically the most important disease of pigs with annual U.S. losses of $664 M. Understanding transcriptional responses to viral infection should reveal mechanisms to help control PRRS. The PRRS Host Genetics Consortium (PHGC) was established to combine efforts of scientists from university, government, commercial pig genetics and animal health companies to assess the role of genetics in determining pig resistance or susceptibility to PRRS virus (PRRSV) infection, pathology, and growth effects. The PHGC used a nursery pig PRRSV infection model with deep sampling for phenotypic analyses, extensive genotyping (60K SNPchip) and a shared database (www.animalgenome.org/lunney/, verified 26 May 2016). We probed the blood transcriptome of PHGC pigs using RNaseq to address disease resistance mechanisms and the underlying genetic architecture of gene expression in response to PRRSV infection. We integrated genome-wide genotype, gene expression, viremia, and weight gain data to identify differential expression and genetic variation controlling expression levels and association to phenotypes in response to Type 2 PRRSV infection. RNA was prepared from Tempus tube preserved peripheral blood samples collected just before experimental challenge (Day 0) and at 4, 7, 10, and 14 d postinfection from 44 pigs, and globin RNA depleted before library production. RNA-seq analysis revealed 6430 differentially expressed genes after infection. We mapped genetic variation that is associated with interindividual differences in expression at each day and found evidence of cis-acting expression quantitative trait loci (cis-eQTL) for 1201 genes. Associations between cis-eQTL markers and phenotypes using 383 pigs indicated host genotype-dependent reduced expression of four genes, including GBP5 as expected from our earlier mapping results. These cis-eQTLs contribute to differences in viremia levels or weight gain in response to PRRSV infection. We also showed evidence of allele-specific expression for those four genes. This study expands our understanding of disease control mechanisms and provides potential new diagnostic tools for pig breeders. Further studies are needed to define the causal mutations that regulate expression of these candidate susceptibility genes and test how changes in expression of these genes can directly affect the traits. This work was funded by Genome Canada, Genome Alberta, Alberta Livestock and Meat Agency, PigGen Canada, and USDA ARS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».