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Enregistrement W2738190348 · doi:10.20381/ruor-16120

The role of Xist and CHD-1 in gene silencing.

2000· dissertation· en· W2738190348 sur OpenAlexvenueno aff
Helen H. Tai

Notice bibliographique

RevueLibrary and Archives Canada (Government of Canada) · 2000
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésXISTGene silencingGeneticsBiologyGeneComputational biologyPsychologyX-inactivationX chromosome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Gene silencing is a stable and heritable form of repression of gene expression that is thought to be mediated by higher order chromatin structures. This thesis consists of two separate studies on gene silencing. The first chapter deals with X chromosome inactivation which is a particular case of gene silencing where almost all the genes one X chromosome are inactivated early in the development of female mammals. The Xist gene is a candidate gene for controlling X chromosome inactivation because the Xist gene resides on the X chromosome near the XIC (X inactivation center) and is expressed from the inactive X in female somatic cells. Chapter 1 describes an investigation of the expression of Xist in diploid P10 female embryonal carcinoma cells that have two active X chromosomes. The transcripts expressed from Xist alleles in P10 cells could be distinguished by restriction enzyme digestion of their cDNAs. It was found that both alleles Xist are expressed; thus, Xist transcripts are expressed prior to X chromosome inactivation and are not always derived from the inactive X chromosome. Therefore, Xist expression per se cannot be a sufficient signal to inactivate an X chromosome. The second chapter is a study of CHD-1, a mouse protein with two chromodomains, a helicase/ATPase domain, and a DNA binding domain. The chromodomain connects CHD-1 to gene silencing because the chromodomain, also present in the Drosophila proteins HP-1 and Polycomb, is required for the gene silencing function of these proteins. Therefore, CHD-1 was further examined in Chapter 11. In part A of Chapter 11, the finding that CHD-1 was associated with the nuclear matrix, a protein structure in the nucleus, is reported. Part B of Chapter 11 describes a study investigating proteins that interact with the chromodomain of CHD-1 in a yeast two hybrid screen. One of the protein identified as interacting with CHD-1 was N-CoR which is a protein that is associated with histone deacetylation. Since deacetylated histones are associated with chromatin containing silenced genes, it was concluded that CHD-1 can function in gene silencing as part of a complex with histone deacetylase.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,001
Tête enseignante GPT0,144
Écart entre enseignants0,143 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2000
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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