Joint Analysis of Nuclear and Mitochondrial Variants in Age-Related Macular Degeneration Identifies Novel Loci <i>TRPM1</i> and <i>ABHD2/RLBP1</i>
Notice bibliographique
Résumé
Purpose: Presently, 52 independent nuclear single nucleotide polymorphisms (nSNPs) have been associated with age-related macular degeneration (AMD) but their effects do not explain all its variance. Genetic interactions between the nuclear and mitochondrial (mt) genome may unearth additional genetic loci previously unassociated with AMD risk. Methods: Joint effects of nSNPs and selected mtSNPs were analyzed by two degree of freedom (2df) joint tests of association in the International AMD Genomics Consortium (IAMDGC) dataset (17,832 controls and 16,144 advanced AMD cases of European ancestry). Subjects were genotyped on the Illumina HumanCoreExome array. After imputation using MINIMAC and the 1000 Genomes Project Phase I reference panel, pairwise linkage disequilibrium pruning, and quality control, 3.9 million nSNPs were analyzed for interaction with mtSNPs chosen based on association in this dataset or publications: A4917G, T5004C, G12771A, and C16069T. Results: Novel locus TRPM1 was identified with genome-wide significant joint effects (P < 5.0 × 10-8) of two intronic TRPM1 nSNPs and AMD-associated nonsynonymous MT-ND2 mtSNP A4917G. Stratified analysis by mt allele identified an association only in 4917A (major allele) carriers (P = 4.4 × 10-9, odds ratio [OR] = 0.90, 95% confidence interval [CI] = 0.87-0.93). Intronic and intergenic ABHD2/RLBP1 nSNPs demonstrated genome-wide significant joint effects (2df joint test P values from 1.8 × 10-8 to 4.9 × 10-8) and nominally statistically significant interaction effects with MT-ND5 synonymous mtSNP G12771A. Although a positive association was detected in both strata, the association was stronger in 12771A subjects (P = 0.0020, OR = 2.17, 95% CI = 1.34-3.60). Conclusions: These results show that joint tests of main effects and gene-gene interaction reveal associations at some novel loci that were missed when considering main effects alone.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,005 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».