Abstract 3863: A subset of poorly prognostic pediatric posterior fossa ependymomas exhibit lowered H3K27me3 and DNA hypomethylation and show epigenetic similarities with H3K27M mutant diffuse intrinsic pontine gliomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pediatric posterior fossa ependymomas are poorly understood childhood brain tumors and have no effective treatments. The biology of these tumors is obscure as recent sequencing efforts suggest that they lack recurrent genetic alterations. A subset of these tumors termed PF-A ependymomas exhibits CpG-island hypermethylation implicating epigenetic alterations in their pathogenesis. Through comprehensive analyses of histone modification, we discovered global H3K27me3 reduction in a subset of these tumors. Tumors with lowered H3K27me3 showed many clinical and biologic similarities with PFA-ependymomas. Global reduction in H3K27me3 is likewise observed in pediatric gliomas that bear histone H3K27M mutations termed diffuse intrinsic pontine gliomas (DIPG) that also arise in the posterior fossa of young children. Analyses of ependymomas with reduced H3K27me3 and H3K27M mutant DIPGs showed many similarities in DNA methylation and enrichment of H3K27me3 in many genomic loci important for neuroglial specification. Combined integrative analysis of both tumor types uncovered common epigenetic deregulation of select factors that control radial glial biology and radial glia in the developing posterior fossa showed reduced H3K27me3. Finally, PF ependymomas with lowered H3K27me3 were more invasive radiologically and exhibited poor prognosis in three independent cohorts (P<0.001 in all three cohorts, collective n>300). These data have clinical implications for biomarker development and to inform epigenetic approaches to treat PF ependymomas. Citation Format: Sriram Venneti, Jill Bayliss, Piali Mukherjee, Chao Lu, Siddhant Jain, Chan Chung, Daniel Martinez, Benjamin Sabari, Ashley Margol, Pooja Panwalkar, Abhijit Paroloia, Melike Pekmezci, Richard Mc Eachin, Marcin Cieslik, Benita Tamrazi, Benjamin Garcia, Gaspare La Rocca, Mariarita Santi, Peter Lewis, Cynthia Hawkins, Ari Melnick, C David Allis, Craig B. Thompson, Arul Chinnaiyan, Alexander R. Judkins. A subset of poorly prognostic pediatric posterior fossa ependymomas exhibit lowered H3K27me3 and DNA hypomethylation and show epigenetic similarities with H3K27M mutant diffuse intrinsic pontine gliomas [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2017; 2017 Apr 1-5; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2017;77(13 Suppl):Abstract nr 3863. doi:10.1158/1538-7445.AM2017-3863
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».