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Enregistrement W2740130618 · doi:10.1002/gcc.22486

Copy number profiling of adult relapsed B‐cell precursor acute lymphoblastic leukemia reveals potential leukemia progression mechanisms

2017· article· en· W2740130618 sur OpenAlexfundno aff
Jordi Ribera, Lurdes Zamora, Mireia Morgades, Mar Mallo, Montserrat Batlle, Susana Vives, Isabel Granada, Jordi Juncà, Roberto Malinverni, Eulàlia Genescà, Ramón Guàrdia, Santiago Mercadal, Lourdes Escoda, Joaquín Martínez‐López, Jordi Esteve, Marta Pratcorona, Carmen Martínez-Losada, Françesc Solé, Evarist Feliú, Josep‐María Ribera

Notice bibliographique

RevueGenes Chromosomes and Cancer · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAcute Lymphoblastic Leukemia research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of Infection and ImmunitySociedad Española de Hematología y HemoterapiaDepartament d'Innovació, Universitats i Empresa, Generalitat de CatalunyaFederación Española de Enfermedades RarasGeneralitat de CatalunyaHealth Research
Mots-clésCDKN2AMultiplex ligation-dependent probe amplificationSomatic evolution in cancerCDKN2BCancer researchBiologyPAX5ETV6clone (Java method)LeukemiaSNP arrayCopy-number variationGeneImmunologyGeneticsChromosomal translocationSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The outcome of relapsed adult acute lymphoblastic leukemia (ALL) remains dismal despite new therapeutic approaches. Previous studies analyzing relapse samples have shown a high degree of heterogeneity regarding gene alterations without an evident relapse signature. Bone marrow or peripheral blood samples from 31 adult B-cell precursor ALL patients at first relapse, and 21 paired diagnostic samples were analyzed by multiplex ligation probe-dependent amplification (MLPA). Nineteen paired diagnostic and relapse samples of these 21 patients were also analyzed by SNP arrays. A trend to acquire homozygous CDKN2A/B deletions and a significant increase in the number of copy number alterations (CNA) was observed from diagnosis to first relapse. Evolution from an ancestral clone was the main pattern of clonal evolution. Relapse samples were extremely heterogeneous regarding CNA frequencies. However, CDKN2A/B, PAX5, ETV6, ATM, IKZF1, VPREB1, and TP53 deletions and duplications of 1q, 8q, 17q, 21, X/Y PAR1, and Xp were frequently detected at relapse. Duplications of genes involved in cell proliferation, drug resistance and stem cell homeostasis regulation, as well as deletions of KDM6A and STAG2 genes emerged as specific alterations at relapse. Genomics of relapsed adult B-cell precursor ALL is highly heterogeneous, although some recurrent lesions involved in essential pathways deregulation were frequently observed. Selective and simultaneous targeting of these deregulated pathways may improve the results of current salvage therapies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,046
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,304
Écart entre enseignants0,292 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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