Measles molecular epidemiology: What does it tell us and why is it important?
Notice bibliographique
Résumé
Measles molecular epidemiology was a key component of the verification of elimination of indigenous measles in Canada and is an invaluable tool during public health investigations, both to establish whether connections exist between concurrent measles cases and to indicate possible sources of importations. There are 24 distinct genotypes however the genotype is usually not sufficient to describe the complex molecular epidemiology of measles cases. The exact genetic sequence of the last 450 nucleotides of the nucleoprotein (N) gene (N-450) is used. The measles genome mutates very slowly and so cases within the same chain of transmission usually have identical N-450 sequences. In Canada, the National Microbiology Laboratory (NML) sequences the N-450 and deposits it into the WHO measles sequence database, MeaNS. This database can be used to identify other geographic regions where the measles sequence was detected, supporting or excluding connections. For commonly detected N-450 sequences, MeaNS designates a "sequence variant." Sequence variants are used as the defining characteristic of measles cases with identical sequences and this designation is fundamental to the description of measles molecular epidemiology both locally and globally. As progress is made towards global measles eradication, its genetic diversity decreases and distinct importations of measles from a single reservoir can be difficult to distinguish using current methods. Extending sequencing methods beyond the N-450 is required. While sequencing the entire hemagglutinin (H) gene, which is currently done routinely at the NML, can be helpful, whole genome sequencing will be required for effective molecular surveillance to monitor the sustained elimination of measles in Canada.insert text here.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,017 | 0,065 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,007 |
| Communication savante | 0,008 | 0,025 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,010 | 0,021 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».