Abstract 2215: Detection of novel markers of transitional cell carcinoma of the ovary, the TCC-like variant of high grade serous carcinoma, using proteomics and immunohistochemistry
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: The current WHO classification does not separate transitional carcinoma of the ovary (TCCO) from conventional high grade serous carcinoma of the ovary (HGSC). TCCO has a better prognosis, possibly due to better chemosensitivity or less infiltrative growth pattern. The available immunohistochemical (IHC) markers do not differentiate between the two subtypes. Therefore, we sought to compare the proteomic profiles of conventional HGSC and TCCO to identify surrogate biomarkers of good prognosis from TCCO that could identify conventional HGSC tumors with a better prognosis. Design: Full proteome analysis of 12 cases of TCCO and 12 cases of HGSC was performed using SP3-clinical proteomics, run on an ThermoFisher Orbitrap Fusion. For validation, tissue microarrays of TCCO (n=89) and HGSC (n=237) were immunostained with antibodies against proteins found to be enriched in TCCO. All cases and immunostains were scored by a gynecologic pathologist. Univariate analysis was performed comparing IHC expression in TCCO vs. HGSC. Results: We identified 1220 proteins that were significantly enriched in TCCO over HGSC. Claudin 4 and Ubiquitin carboxyl-terminal esterase L1 (UCHL1) were selected as potential markers of TCCO-like biology (p=0.0017, 0.0322). By IHC, Claudin 4 (95% confidence interval (CI) 0.171, 0.430) and UCHL1 (95% CI 0.291, 0.550) showed a significantly higher expression in TCCO as compared to HGSC (see table). % of tumors with high immunoreactivity scoresClaudin 4UCHL1Pure TCCO34/59 (58%)26/59 (44%)Mixed TCCO-HGSC, TCCO component14/29 (48%)8/29 (28%)Mixed TCCO-HGSC, HGSC component19/28 (68%)6/28 (21%)Conventional HGSC33/235 (14%)32/237 (14%) Legend: Mixed TCCO: TCCO with minor component of conventional HGSC Conclusion: Proteomic analysis showed differing protein profiles for TCCO and HGSC. By IHC, Claudin 4 and UCHL1 were identified as potential markers for TCC-like differentiation of high-grade serous carcinomas. Further studies will focus on the prognostic significance of these and other markers in larger cohorts of HGSC. This study presents a novel approach at identifying potential diagnostic and prognostic biomarkers as well as therapeutic targets. Citation Format: Basile Tessier-Cloutier, Jamie Magrill, Stefan Kommoss, Blake C. Gilks, David G. Huntsman, Dawn R. Cochrane, Aline Talhouk, Robert Soslow, Gregg B. Morin, Chris J. Hughes, Anthony N. Karnezis, Christine Chow, Angela S. Cheng, Andreas du Bois, Jacobus Pfisterer, Friedrich Kommoss. Detection of novel markers of transitional cell carcinoma of the ovary, the TCC-like variant of high grade serous carcinoma, using proteomics and immunohistochemistry [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2017; 2017 Apr 1-5; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2017;77(13 Suppl):Abstract nr 2215. doi:10.1158/1538-7445.AM2017-2215
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».