Adaptation of the pine fungal pathogen <i>Grosmannia clavigera</i> to monoterpenes: Biochemical mechanisms revealed by <scp>RNA</scp>‐seq analysis
Notice bibliographique
Résumé
Summary The blue stain fungus Grosmannia clavigera (G. clavigera) is a pathogen of pines that can tolerate monoterpenes in oleoresin. Grosmannia clavigera has developed several mechanisms to cope with the host's monoterpene defence: a monoterpene efflux system mediated by an ABC transporter and enzymes that utilize or modify monoterpenes. In this study, we integrated two expression data sets based on a match between their multi‐dimensional distributions. The data sets are raw RNA ‐seq and already processed transcriptome expression data with partially matching biological conditions. As a result, several new regulatory mechanisms, including the upregulation of the stress response and the developmental process at early‐time‐point terpene treatment, were involved in the adaptation of G. clavigera to monoterpenes and were supported by both data sets. In addition, several genes related to terpenoid modification were upregulated within 36 h (in rich media) and 7 days (in poor media) of terpene treatment. These results led us to the assumption that G. clavigera used terpenes as an energy source within 7 days when no other energy source was available, while within 36 h of terpene treatment on rich media these genes took part in terpene detoxification. As the G. clavigera genome is not well annotated, we performed detection of new putative transcripts as genome fragments enriched by read mapping. Several newly detected transcripts annotated as putative retrotransposons were upregulated mostly under early‐time‐point terpene treatment, while others annotated as putative ribonuclease and protease were downregulated mostly during early‐time‐point terpene treatment. Based on these results, it can be hypothesized that these new transcripts could play a role in previously unidentified G. clavigera terpene response regulatory mechanisms. Overall, this study identified gene expression regulations supported by two data sets as well as new putative transcripts related to new processes that might be important for G. clavigera tolerance to terpenes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».