Abstract 1302: Genome-wide association study of glioma reveals specific differences in genetic susceptibility to glioblastoma and non-glioblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract BACKGROUND: Glioma accounts for ~27% of all primary brain tumors and is responsible for ~13,000 cancer-related deaths in the US each year. Glioma tumors can be broadly classified into glioblastoma (GBM) and lower-grade non-GBM. Typically gliomas have a poor prognosis irrespective of medical care, with the most common form, GBM, having a five-year survival rate of only 5%. While genome-wide association studies (GWAS) have transformed our understanding of glioma susceptibility, individual studies have had limited power to identify risk loci. METHODS: We performed the largest glioma GWAS to date, comprising a meta-analysis of six existing GWAS (6,405 cases, 14,100 controls) as well as new GWAS from the Glioma International Case Control Consortium (GICC; 4,572 cases and 3,286 controls) and University of California, San Francisco (UCSF)-Mayo (1,519 cases, 804 controls), totaling 12,496 cases (6,191 classified as GBM, 5,819 as non-GBM) and 18,190 controls. RESULTS: We identified five new risk loci for GBM at 1p31.3 (rs12752552; near JAK1, P=2.04×10-9, odds ratio (OR)=1.22), 11q14.1 (rs11233250; P=9.95×10-10, OR=1.24), 16p13.3 (rs2562152; near MPG, P=1.93x10-8, OR=1.21), 16q12.1 (rs10852606; HEATR3, P=1.29×10-11, OR=1.18), 22q13.1 (rs2235573; P=1.76×10-10, OR=1.15) and eight for non-GBM at 1q32.1 (rs4252707; MDM4, P=3.34×10-9, OR=1.19), 1q44 (rs12076373; AKT3, P=2.63×10-10, OR=1.23), 2q33.3 (rs7572263; near IDH1, P=2.18×10-10, OR=1.20), 3p14.1 (rs11706832; LRIG1, P=7.66×10-9, OR=1.15), 10q24.33 (rs11598018; OBFC1, P=3.39×10-8, OR=1.14), 11q21 (rs7107785; P=3.87×10-10, OR=1.16), 14q12 (rs10131032; P=5.07x10-11, OR=1.33) and 16p13.3 (rs3751667; P=2.61×10-9, OR=1.18). Case-only analyses confirmed the specificity of 11q14.1, 16p13.3 and 22q13.1 associations for GBM and 1q44, 2q33.3, 3p14.1, 11q21 and 14q12 for non-GBM tumors. In the combined meta-analysis, among previously published glioma risk SNPs, those for all glioma at 17p13.1 (TP53), GBM at 5p15.33 (TERT), 7p11.2 (EGFR), 9p21.3 (CDKN2B-AS1) and 20q13.33 (RTEL1) and for non-GBM at 8q24.21 (CCDC26), 11q23.2, 11q23.3 (PHLDB1) and 15q24.2 (ETFA) showed even greater evidence for association. SNPs at 10q25.2 and 12q12.1 for non-GBM tumors retained genome-wide significance (i.e. P<5.0x10-8). Associations at the previously reported loci for GBM at 3q26.2 (near TERC) and 12q23.33 (POLR3B) did not retain statistical significance. CONCLUSIONS: Our findings substantiate genetic susceptibility to GBM and non-GBM glioma being highly distinct, consistent with their distinctive molecular profiles presumably resulting from different etiological pathways. Functional analyses should lead to further insights into the biological basis of the different glioma histologies. Such information can inform gene discovery initiatives and therefore have a measurable impact on the successful development of new therapeutic agents. Citation Format: Ben Kinnersley, Beatrice S. Melin, Jill S. Barnholtz-Sloan, Margaret R. Wrensch, Christoffer Johansen, Dora Il’yasova, Quinn Ostrom, and members of GICC, Karim Labreche, Jeanette E. Eckel-Passow, Paul A. Decker, Marianne Labussière, Ahmed Idbaih, Khe Hoang-Xuan, Anna-Luisa Di Stefano, Karima Mokhtari, Jean-Yves Delattre, Pilar Galan, Konstantinos Gousias, Johannes Schramm, Minouk J. Schoemaker, Sarah J. Fleming, Stefan Herms, Stefanie Heilmann, Marcus M. Nöthen, Heinz-Erich Wichmann, Stefan Schreiber, Anthony Swerdlow, Mark Lathrop, Matthias Simon, Marc Sanson, Preetha Rajaraman, Stephen Chanock, Martha Linet, Zhaoming Wang, Meredith Yeager, Rose K. Lai, Elizabeth B. Claus, Sara H. Olson, Robert B. Jenkins, Richard S. Houlston, Melissa L. Bondy. Genome-wide association study of glioma reveals specific differences in genetic susceptibility to glioblastoma and non-glioblastoma [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2017; 2017 Apr 1-5; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2017;77(13 Suppl):Abstract nr 1302. doi:10.1158/1538-7445.AM2017-1302
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».