P3.103 New insights into circulating<i>neisseria gonorrhoeae</i>sequence types using non-cultured clinical specimens in british columbia, canada
Notice bibliographique
Résumé
Introduction From 2014 to 2015, there was a 114% and 56% increase in gonorrhoea reports in females and males, respectively. Historically, culture-based Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence type (NG-MAST) surveillance is over-represented by males attending STI clinics. We sought to understand trends in NG-MAST of gonorrhoea cases among females in relation to this recent increase. Methods From Oct to Dec 2015, the first 30–40 gonorrhoea positive nucleic acid amplification test (NAAT) samples each month in BC females were characterised by NG-MAST based on the sequence of the porB and tbpB genes. Sequence type was determined using the NG-MAST website (www.ng-mast.net). These were compared against the overall prevalent strain types as routinely reported in the National Surveillance of Antimicrobial Susceptibilities of Neisseria gonorrhoeae Annual Summary 2014. Descriptive statistics were completed using Microsoft Excel. Results Of 112 NAAT samples analysed, 35 were non-typeable. Of the remaining 77 samples, the most common sequence types identified were ST-5985 (32%), ST-7638 (21%) and ST-4637 (10%). For comparison, ST-5985, ST-7638, and ST-4637 comprised of 52%, 0%, and 0.3%, respectively, of prevalent NG-MAST sequence types from culture in BC and NAAT in 2014. ST-7638 and ST-4637 have rarely been identified in BC cultures in prior years, but have been commonly seen in neighbouring provinces. The vast majority of ST-5985 cultures from BC demonstrated a high level of resistance to tetracycline while cultures of ST-7638 and ST-4637 have been virtually all susceptible. Conclusion A substantial number of gonorrhoea diagnoses were identified as NG-MASTs types not previously known to be circulating in BC. Whether this represents strain replacement (which may in turn contribute to increases in incidence) or is due to undersampling of females in prior years requires further study. Ongoing strain typing surveillance of both sexes, now feasible with NAAT-based NG-MAST, will help improve our understanding of the changing epidemiology of N gonorrhoeae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».