Abstract 4287: <i>HABP2</i> p.G534E variant in patients with family history of thyroid and breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background. Familial Papillary Thyroid Carcinoma (PTC) has been recently associated with the HABP2 p.G534E mutation. In this study we evaluated the putative association of the HABP2 p.G534E mutation and familial history of PTC and Breast Carcinoma (BC) in the Brazilian population. Methods. Germline mutations of twenty unrelated individuals with personal and/or family history of PTC and/or BC were identified by whole exome sequencing (WES), using Nextera Exome Enrichment kit and HiSeq200 platform (Illumina). Two cases were positive for p.G534E. Family members from both positive cases (seven from Family 1 and three from Family 2) were recruited for segregation analysis. An additional patient and three relatives (Family 3) with history of PTC and BC were included for validation. Fifty frozen PTC tumor samples and 170 healthy Brazilian individuals were also screened for the HABP2 variant. Confirmation and validation were performed by Sanger sequencing. Results. Interestingly, Family 1 reported a consanguineous history, reflected in two homozygous cases: the proband (PTC) and his unaffected sister. Also, only one (BC) out of eight tested members was negative for p.G534E. In the Family 2, the only patient diagnosed with PTC was negative for the mutation, while three relatives were positive for the same loci. The index case (PTC) from Family 3, was wild type for HABP2 and three relatives tested were positive carriers. In PTC tumor samples the Allele Frequency (AF) was 0.04: two heterozygous and one homozygous for p.G534E. Among 170 healthy individuals, five were heterozygous for the variant, representing an AF of 0.0147. The two index patients evaluated by WES also presented interesting pathogenic variants in genes potentially associated with deregulation of the extracellular matrix organization pathway (CTSB, TNXB, COL4A3, COL16A1, COL24A1, COL5A2, NID1, LOXL2, MMP11, TRIM24 and MUSK) and DNA repair function (NBN and MSH2). Conclusion. Our findings suggest that HABP2 is not a predisposition gene involved in familial PTC and BC. Financial Support: FAPESP (2013/01867-8 and 2014/03983-8) and CNPq (481132/2012-0) Note: This abstract was not presented at the meeting. Citation Format: Maisa Pinheiro, Sandra A. Drigo, Fabio A. Marchi, Renata Tonhosolo, Sonia C. Andrade, Igor Jurisica, Luiz P. Kowalski, Maria Isabel W. Achatz, Silvia R. Rogatto. HABP2 p.G534E variant in patients with family history of thyroid and breast cancer [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2017; 2017 Apr 1-5; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2017;77(13 Suppl):Abstract nr 4287. doi:10.1158/1538-7445.AM2017-4287
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».