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Enregistrement W2740828344 · doi:10.1158/2326-6066.cir-17-0012

Clonal Expansion and Interrelatedness of Distinct B-Lineage Compartments in Multiple Myeloma Bone Marrow

2017· article· en· W2740828344 sur OpenAlexaff
Leo Hansmann, Arnold Han, Livius Penter, Michaela Liedtke, Mark M. Davis

Notice bibliographique

RevueCancer Immunology Research · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMultiple Myeloma Research and Treatments
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthDeutsche ForschungsgemeinschaftHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésBiologyPhenotypeAntibodyMultiple myelomaBone marrowPlasma cellLineage (genetic)Somatic cellB cellImmunologyMolecular biologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Multiple myeloma is characterized by the clonal expansion of malignant plasma cells in the bone marrow. But the phenotypic diversity and the contribution of less predominant B-lineage clones to the biology of this disease have been controversial. Here, we asked whether cells bearing the dominant multiple myeloma immunoglobulin rearrangement occupy phenotypic compartments other than that of plasma cells. To accomplish this, we combined 13-parameter FACS index sorting and t-Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) visualization with high-throughput single-cell immunoglobulin sequencing to track selected B-lineage clones across different stages of human B-cell development. As expected, the predominant clones preferentially mapped to aberrant plasma cell compartments, albeit phenotypically altered from wild type. Interestingly, up to 1.2% of cells of the predominant clones colocalized with B-lineage cells of a normal phenotype. In addition, minor clones with distinct immunoglobulin sequences were detected in up to 9% of sequenced cells, but only 2 out of 12 of these clones showed aberrant immune phenotypes. The majority of these minor clones showed intraclonal silent nucleotide differences within the CDR3s and varying frequencies of somatic mutations in the immunoglobulin genes. Therefore, the phenotypic range of multiple myeloma cells in the bone marrow is not confined to aberrant-phenotype plasma cells but extends to low frequencies of normal-phenotype B cells, in line with the recently reported success of B cell–targeting cellular therapies in some patients. The majority of minor clones result from parallel nonmalignant expansion. Cancer Immunol Res; 5(9); 744–54. ©2017 AACR.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,058
Score d'incertitude au seuil0,542

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,129
Tête enseignante GPT0,429
Écart entre enseignants0,300 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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