Evolution of HIV-1 in the Gut
Notice bibliographique
Résumé
The high mutation rate of Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a significant contributor to its ability to develop drug resistance. While much research has been directed towards developing new drugs and treatments in response to resistance, it is also critical to gain a better understanding of the nature of the virus’s replication. Previous studies (van Marle et al., 2007; van Marle et al., 2010) have demonstrated that viral replication and evolution are compartmentalized in different gut tissues. However, these studies focused on the reverse transcriptase (rt) region of the proviral DNA. This project examined whether the same patterns of viral evolution would be found in the n ef (negative factor) encoding region. The Nef protein contributes to the infectivity and pathogenicity of the virus and is therefore under different selection pressures than reverse transcriptase. For this project, gut biopsy samples were taken from a patient cohort at the Southern Alberta HIV Clinic from 1993-1996 and again from 2007-2010. Proviral DNA was isolated and the nef region was subsequently sequenced and analyzed using Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA) software. The results indicated that evolution of the nef region over time is consistent with compartmentalization of the gut in each patient. Overall diversity of the Nef protein encoding region is similar among all tissue types. Finally, the majority of mutations suggest that HIV-1 is under neutral or purifying selection. These observations are consistent with the observations of the rt region, suggesting a similar evolutionary pattern for the nef region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».